پژوهشکده هواشناسی آب و کشاورزی، به عنوان سومین پژوهشکده از پژوهشگاه هواشناسی و علوم جو، به منظور پاسخگویی به بخشی از نیازهای پژوهشی کشور و به عنوان یکی از بازوهای تصمیم ساز در سازمان هواشناسی در زمینه توسعه خدمات این سازمان در هواشناسی آب و کشاورزی تأسیس شده است. تمرکز اصلی این پژوهشکده انجام مطالعات و تحقیقات در زمینه کاربرد هواشناسی در زمینه کشاورزی، آبشناسی و مباحث خشکسالی و بیابان است.